Η περιοχή της Βιστωνίδας χαρακτηρίζεται από μεγάλη ποικιλία οικοτόπων και πλούσια χλωρίδα. Η βλάστηση της λίμνης αποτελείται από αμμόφιλες και αλόφιλες φυτοκοινωνίες, λιβάδια, καλαμώνες και θαμνώνες.

Τα φυτά που εντοπίζονται στις αμμόφιλες φυτοκοινωνίες, είναι: το Αμμόφιλο ή Ψάθα (Amophila arenaria), η Σαλσόλα (Salsola kali), η Γαλατσίδα (Euphorbia paralias), το Aσπράγκαθο (Xanthium spinosum), το Aσπράγκαθο (Scolymus hispanicus), η Κεντάυρια (Centayrea solstitialis), η Γαλατσίδα (Euphorbia peplis), ο Θαλασσόκρινος (Pancratium maritimum) και το Γαλανάγκαθο (Eryngium maritimum).

Στις αλόφιλες φυτοκοινωνίες, υπάρχει η Αλιμιόνη (Halimione portulacoides) και η Αρμυρήθρα (Salicornia europea).

Στα λιβάδια με βούρλα, συναντάμε το Θαλασσόβουρλο (Juncus maritimys) , το Βούρλο (Juncus acutus), την Αγριάδα (Cynodon dactylon), τον Κυνόσουρο (Cynosurus sp.), το Μαρούβιο (Marrybium) και το Πολύγωνο (Polygonum sp.).

Αντίστοιχα, στους καλαμώνες της περιοχής, υπάρχει το Καλάμι (Arundo donax) και το Σάζι (Typha latifolia).

Τέλος, στους θαμνώνες έχουμε τα αρμυρίκια (Tamarix sp.).