Η παρανέστια περιοχή χαρακτηρίζεται από πλούσια και ποικίλη βλάστηση καθώς και από ένα εντυπωσιακό αριθμό στα είδη φυτών της. Στην περιοχή του Δέλτα απλώνεται ένα πραγματικό μωσαϊκό από φυτοκοινωνίες όπως :

  • Η αμμοθινική βλάστηση η οποία περιέχει αρκετά από τα χαρακτηριστικά είδη φυτών και αναπτύσσεται με μορφή ζωνών με διάφορες φυτοκοινωνίες των κλάσεων Cakiletea και Ammophiletea.
  • Η αλοφυτική βλάστηση εμφανίζει πολύ καλές συνθέσεις και καλύπτει σημαντική έκταση, ιδιαίτερα στις λιμνοθάλασσες της Κεραμωτής με καλή και εκτεταμένη εμφάνιση της κοινωνίας Arthrocneumum glacumPuccinellia distanns.
  • Η βλάστηση των καλαμώνων αναπτύσσεται σε συνεκτικές συστάδες κυρίως προς τις εκβολές του ποταμού ως παρόχθια βλάστηση, στις λίμνες με γλυκό νερό και σε όλα τα φυσικά ή τεχνητά κανάλια της περιοχής.
  • Θαμνώνες με αρμυρίκια υπάρχουν σε μικρές συστάδες σε ολόκληρη την περιοχή, φυσικά περισσότερο συνεκτική και εκτεταμένη εμφανίζεται η ενότητα αυτή στις παρόχθιες εκτάσεις κατά μήκος του ποταμού, όπου στα ελαφρώς αλατούχα εδάφη δεν μπορούν να αναπτυχθούν τα ξηλώδη παραποτάμια είδη των γενών Salix και Populus.
  • Λειμώνες με βούρλα απαντώνται στις χερσαίες εκτάσεις βορειανατολικά των ιχθυοτροφείων Βάσσοβα και Κουμπουρνού όπου σχηματίζουν την κοινωνία Juncus acutus και Juncus maritimus –Ass.
  • Υδρόβια βλάστηση απαντάται κυρίως στα γλυκά νερά του Νέστου ποταμού και σε όλα τα φυσικά και τεχνητά κανάλια της περιοχής, όπου το νερό τους δεν επηρεάζεται από την αλατότητα της θάλασσας.
  • Οι δασικές εκτάσεις στο Δέλτα Νέστου χωρίζονται σε δύο κατηγορίες:
    1. Δάση που αναπτύσσονται κατά μήκος των όχθων του ποταμού όπου το νερό είναι μόνιμα σε ροή ή κατακλύζει περιοδικά τις περιοχές αυτές.
    2. Δάση που αναπτύσσονται στις εκβολές και τους κώνους απόθεσης.